Des années après, Kenshin Himura n'est qu'un modeste vagabond, mais sous ses traits se cache le terrible Battosai qui essaie de retrouver une vie normale et d'expier ses pêchés. Cependant, son port du sabre, arme interdite, et sa cicatrice en forme de croix démontrent un passé de guerrier et font de lui un individu qui ne peut rester incognito. Mais il ne veut rien d'autre que la paix, refuse de tuer et utilise pour cela un sabre à lame inverse. Il protège les innocents comme Kaoru par exemple, maître de dojo, qui tente de retrouver l'honneur de sa famille en arrêtant un assassin qui se fait appelé Battosai mais qui n'est autre qu'un vulgaire brigand empruntant le nom du célèbre assassin.
Kenshin lui permettra d'y arriver, et restera avec elle dans son dojo pour relancer l'école dont elle est l'unique représentante capable de transmettre le savoir de son père. Petit à petit, de nouveaux élèves et de nouveaux compagnons vont se joindre à notre couple mais hélas, de nombreuses autres figures du passé de Kenshin vont ressurgir, mettant en danger la vie de ceux qu'il aime...



